永源庵は無涯仁浩（建仁第39世 1294〜1359）が開山であり清水坂鷲峯下に同庵を構えます。
当時の備後守護であった細川頼有公が同庵の門前で無涯に会い馬上から門法したことが縁で師壇の関係ができた。以後、細川家が同門住持に対する帰依は深まり同家から同庵に出家したり住職になるものさえ出ます。
1372年、永源庵はここで建仁寺塔頭に列し、以後細川家の庇護は明治迄続き、現在の客殿は細川三斎公により再建され、その時の住持は、やはり細川家より出家した、九岩中達（建仁第300世）でした。
平成25年3月に第79代内閣総理大臣 細川護熙氏揮毫による襖絵24面が奉納された。
